本地BLAST踩坑记录

我主要使用的是核酸比对，blastn

目前是2023年初，我使用的blast版本为2.13。网上的某些教程可能有点老，而blast某些功能用法修改后可能就不适用了。事实上，使用blastn -help的帮助文档可以得到极为详细的说明，非常重要。

建库

使用makeblastdb命令从自己的序列文件创建比对库

makeblastdb -dbtype [参数，nucl是核酸库，prot是蛋白库] -in [文件名字] -out [数据库名字，之后也会用到]

查询

重点
查询核酸序列使用blastn命令

blastn -query [待查询序列文件] -db [数据库名字，就是上面的] -evalue [e值，越小越精确] -outfmt [输出格式] -task blastn -out [输出文件名]

上面的命令中，-task blastn就是我踩坑的点，所有中文教程都没提及，有些提到说是可以提高速度之类的可选项。虽然官方文档中有，但我一开始感觉以为前面blastn已经表明是核酸了，为什么后面还要再多此一举呢。结果后来找到一个外文论坛说-task对应的是权重矩阵，还是有必要的。所以我开始时blast都没有输出结果，后来加上这个参数就能正常输出了。

麻了

自定义格式输出

-format [数字]就规定了自定义输出，方便人类阅读的格式是0，1，2，3，4。而5之后的格式一般更适合使用程序处理。6，7等格式可以自定义，以表格形式输出你想要看的内容。

譬如

blastn -flag other -format "6 delim=@ qlen qstart mismatch"

上面format后面的内容是说，使用6的表格形式，分割符为@，仅输出查询序列长度（qlen），匹配查询序列开头（qstart），错配数量（mismatch）。具体的都可以看帮助文档。